甲状腺炎的临床分类多样，包括桥本氏甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎、放射性甲状腺炎、急性化脓性甲状腺炎、慢性纤维性甲状腺炎等。
按病因学分类，可分为细菌性、病毒性、自身免疫性、辐射后、寄生虫性、结核性、梅毒和艾滋病感染性等。临床上最常见的是桥本氏甲状腺炎和亚急性甲状腺炎。
