过敏性疾病的预防包括一级预防（预防特异性IgE的产生，即sensitization）、二级预防（预防过敏症状的出现，和过敏进行曲，即allergy march，比如预防鼻炎发展为哮喘）、和三级预防（过敏性疾病的治疗和预防加重）。过敏性疾病的预防一直都很难，甚至一度认为不可预防，最近两年的研究显示了其可行性，特别就一级预防而言，现有数据显示可以从三方面着手。
补充益生菌等微生物（administration of probiotics）
肠道微生物对局部和全身免疫系统均有重要影响，生活方式的改变、饮食结构的变化、抗生素使用增加等等都可改变肠道中微生物的种类和数量，导致包括过敏性疾病在内的很多疾病，有益微生物（比如益生菌）、益生元（prebiotics）及合生元（synbiotics）的补充对肠道微生物的改善有帮助，已经证实益生菌对过敏性疾病特别是过敏性皮炎有预防作用，WAO建议孕妇、过敏高风险哺乳期的母亲及高风险的婴幼儿应该补充益生菌。
食物过敏原早期暴露（early food exposure）
早期认为避免接触致敏食物是预防食物过敏的重要手段，但最新的研究认为婴幼儿早期接触而不是避免或许更能减少食物过敏的发生，而且空气中的食物微小颗粒（比如花生和鸡蛋）可以通过皮肤致敏，要做到真正意义上的避免其实很难。当然，对4—6个月的婴儿母乳喂养仍然是首选，4—6个月后可根据需要添加辅食，也可以尽早引入鸡蛋、花生或其制品等易过敏的食物，至少不应该刻意避免接触这些食物。这已经被AAAAI等指南所采纳。
使用润肤剂（moisturizing）
过敏性皮炎的发病和皮肤屏障功能异常很有关系，比如中间丝相关蛋白缺陷（filaggrin deficiency）导致的免疫响应异常。过敏性皮炎并不是一出生就发病的，而开始于出生后的头几个月内，这就给预防带来可能，出生后就开始使用大量的润肤剂（emollients，比如油、乳膏、软膏等），建立新的人工皮肤屏障。欧美和日本的研究证实过敏性皮炎高风险儿童（父母患过敏性皮炎）出生后开始使用润肤剂可有效预防过敏性皮炎的发生。
虽然现有的研究证实了以上三种干预对过敏性疾病一级预防的作用，但到临床使用还有一段路要走，还有很多关键点需要解决或完善，比如益生菌的补充剂量、补充开始时间点、补充期限、采用哪种益生菌，以及不同人群的影响（比如过敏孕妇和正常孕妇对其作用有何不同）等。而且现在的研究是对3中干预措施分开研究，他们相互结合使用的效果如何？比如润肤剂中加入益生菌，这些都将会成为以后研究的热点。
另外，过敏原特异性免疫治疗（AIT）已经被证实可以预防鼻炎发展为哮喘、可以预防患者对新的过敏原过敏，但是由于伦理和潜在的安全原因，AIT一直很少有一级预防的研究，随着新型过敏原制剂的上市，相信这方面的尝试也会出现。
